Allt fjármagn sem SOS á Íslandi hefur í sinni vörslu er geymt hjá fjármálastofnun í innlánum eða hjá skráðum verðbréfasjóðum.
SOS Barnaþorpin hafa þróað innra eftirlitskerfi sem eykur mjög á öryggi í fjármálum samtakanna. Þá er það skýr stefna SOS Barnaþorpanna að hvers konar spilling og óreiða verði aldrei liðin. Hér á Íslandi hefur SOS kappakostað að hafa gagnsætt bókhald og örugg fjármál með ýmsum leiðum.
Ársreikningur félagsins er endurskoðaður af löggiltum endurskoðanda og staðfestur með undirskrift hans. Ársreikningur er birtur á heimasíðu félagsins eins fljótt og unnt er eftir aðalfund.
Aðgreining starfa: SOS Barnaþorpin hafa aðgreiningu á milli verkþátta sem snýr að fjármálum. Allir reikningar eru samþykktir og sá sem greiðir reikninga færir ekki bókhald og sér ekki um afstemmingu á bankareikningum. Bókari hefur ekki millifærsluheimild í banka eða prókúru á hendur félaginu.
Einn reikningur: SOS Barnaþorpin á Íslandi reka ekki önnur dótturfélög eða systrafélög sem taka þátt í kostnaði eða tekjum starfsins. Öll innkoma í nafni SOS Barnaþorpanna á Íslandi kemur inn á kennitölu félagins, sem verið hefur sú sama frá upphafi árið 1989.